Rođen je 1925. godine u Bosanskom Šamcu. Odrastao je i školovao se u Sarajevu, gdje je i diplomirao na Pravnom fakultetu. Kao pravni savjetnik radio je u više sarajevskih preduzeća.
Zbog svojih političkih opredjeljenja i djelovanja dva puta je zatvaran i osuđivan. U poznatom Sarajevskom procesu, kao prvooptuženi u grupi od 13 muslimanskih intelektualaca, osuđen je na 14 godina zatvora.
Pokrenuo je formiranje Stranke demokratske akcije i na prvoj osnivačkoj skupštini SDA 25. maja 1990. godine postao njen prvi predsjednik. Nakon pobjede SDA, na prvim višestranačkim parlamentarnim izborima 1990. godine, Izetbegović je izabran za prvog predsjednika Predsjedništva Republike Bosne i Hercegovine.
Nakon prvih poslijeratnih višestranačkih izbora 1996. godine izabran je za člana a potom i za predsjedavajućeg Predsjedništva BiH.
Nakon 10 godina obavljanja funkcije člana Predsjedništva BiH, iz zdravstvenih razloga, 2000. godine podnio je ostavku na mjesto člana Predsjedništva BiH.
Vizija i ciljevi političkog djelovanja Alije Izetbegovića bili su jasni: stabilna i prosperitetna BiH u kojoj svi njeni građani uživaju jednaka prava i slobodu – kazao je prije nekoliko godina Halid Genjac, jedan od prvih saradnika i osnivača te stranke Alije Izetbegovića.
Genjac je tada kazao kako je Alija Izetbegović uporno je tragao za rješenjima i pronalazio kompromise u interesu BiH i svih njenih naroda, unoseći u javno djelovanje i politiku moralne vrijednosti.
Izetbegović je autor većeg broja publicističkih radova i studija, te knjiga Islam između istoka i zapada, Problemi islamskog preporoda i Islamska deklaracija. Ove knjige prevedene su na nekoliko jezika i objavljene u više zemalja. Godine 1999. objavio je knjigu Moj bijeg u slobodu, a 2000. godine knjigu Sjećanja (autobiografski zapis). 2004. su mu objavljena i sabrana djela u 10 tomova.
Preminuo je 19. oktobra 2003., a sahranjen je na šehidskom groblju Kovači u Sarajevu piše hayat